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LncRNA測序

產品介紹

長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一類轉錄本長度超過200nt、不編碼蛋白的RNA。利用新一代高通量測序技術進行lncRNA測序,并結合生物信息學的預測工具進行lncRNA分析,有助于科研工作者更快發現那些具有重要調控功能的lncRNA,分析其與特定生物學過程的關系。該方法可以更加高效地獲取lncRNA序列以及位置信息,且突破了常規lncRNA芯片檢測技術的使用范圍限制,還可對新的lncRNA進行預測及功能分析,極大促進lncRNA的深入研究。

結果展示

lncRNA預測

lncRNA的預測包含基本篩選和潛在編碼能力篩選兩部分。百邁客綜合目前應用最廣泛的編碼潛能分析方法對候選lncRNA進行進一步的篩選,主要包括:CPC分析、CNCI分析、CPAT分析、pfam蛋白結構域分析四種方法。為直觀展示分析結果,將4種分析軟件鑒定得到的noncding transcripts進行統計,做維恩圖。同時對以上4種分析結果取交集,用于后續lncRNA分析。

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lncRNA分類

經過四種軟件預測篩選后,對最終得到lncRNA種類及占比情況進行統計,包括:lincRNA、anti-sense_lncRNA、intronic_lncRNA、sense_lncRNA。

差異表達LncRNA聚類分析

聚類分析用于判斷差異基因在不同實驗條件下的表達模式,可通過將表達模式相同或相近的LncRNA聚集成類,從而識別LncRNA的功能,同類LncRNA可能具有相似的功能或共同參與同一代謝過程。對篩選出的差異表達lncRNA做層次聚類分析,將具有相同或相似表達行為的lncRNA進行聚類。

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差異表達LncRNA染色體分布

基因在染色體上的位置關系同基因行使的功能有著重要的關系,文獻中有報道一部分lncRNA有潛在的啟動子功能,對其鄰近的基因具有調控功能,因此我們對差異表達lncRNA和mRNA序列在染色體分布做出分析。

LncRNA有哪些主要功能?

答:LncRNA的主要功能有:干擾下游基因的表達;干擾mRNA的剪切,形成不同的剪切形式;與編碼蛋白基因的轉錄本形成互補雙鏈,在Dicer酶的作用下產生內源性siRNA;作為小分子RNA(如miRNA、piRNA)的前體分子。

如何進行LncRNA的預測?

答:lncRNA的預測包含基本篩選和潛在編碼能力篩選兩部分。

(1)篩選長度≥200bp,Exon個數≥2,FPKM≥0.1的轉錄本序列進行后續編碼潛能預測;

(2) 應用主流的CPC分析、CNCI分析、CPAT分析、pfam蛋白結構域分析四種方法對基本篩選獲得的轉錄本進行編碼潛能預測,保留不具編碼潛能的轉錄本序列,四種方法取交集即為最后預測出的LncRNA。

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